La etiología de la disfunción eréctil puede ser de diferente naturaleza según el órgano o sistema implicado.

Vasculogénica. 

El principal sistema afectado es el vascular. A su vez puede ser arteriogénica, venogénica o sinusoidogéncia siendo , la más frecuente la arteriogénica53. En la disfunción eréctil de origen vascular se han encontrado menor número de células musculares lisas a lo largo de los dos cuerpos cavernosos, lo que conduciría a una disfunción del mecanismo córporo veno-oclusivo.

 Neurogénica. 

El principal sistema afectado es el nervioso tanto a nivel central como periférico.

 Endocrinológica.
 Es muy poco frecuente. Puede ser una insuficiencia gonadal primaria como ocurre en síndromes congénitos o hereditarios como el síndrome de Alstrom y la agenesia testicular y síndromes genéticos como el síndrome de Klinefelter. Pero en estos casos la disfunción eréctil es el menor de otros signos y síntomas más relevantes que conducen al diagnóstico. O una insuficiencia gonadal secundaria como en el caso de un hipogonadismo secundario por alteración del eje hipotálamo-hipofisarjo, ya sea por trastornos que le afectan localmente o por otras enfermedades sistémicas.

 Cavernosa. 

Malformaciones de los cuerpos cavernosos. Enfermedades propias del pene como priapismo o enfermedad de la Peyronie previas. Malformaciones como epispadias o hipospadias o megalouretra.

 Psicogénica. 

Se han señalado diferentes causas posibles de disfunción eréctil psicogénica como: humor depresivo, baja autoestima, ansiedad de anticipación, inhibición sexual, problemas en la esfera afectiva, diferentes neurosis y psicosis, problemas sociales y/o laborales, miedo a posibles enfermedades de transmisión sexual o embarazo, historia de abusos sexuales, estrés, conflictos de pareja, persistencia de mitos y actitudes no deseables, preferencias sexuales diferentes, tipo de personalidad, etc.